Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
ONK 6095	KANSER ARAŞTIRMALARINDA BİYOİNFORMATİK	SEÇMELİ	1	0	0	3

Dersi Veren Birim

Temel Onkoloji Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

DOÇENT YASEMİN BASKIN

Dersi Alan Birimler

Temel Onkoloji Doktora

Dersin Amacı

Biyoinformatik araçlar ve teknikler hakkında bilgi sahibi olmaları, teknolojilerden nasıl yararlanabileceğini bilmeleri, veri bankalarına bağlanmayı ve bu alandaki biyoinformatik değerlendirmelerini bilmelerini sağlamaktır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Biyoinformatik hakkında bilgi sahibi olmak
2	Kanser araştırmalarında biyoinformatik yöntemler hakkında bilgi sahibi olmak.
3	Biyolojik diziler, seri veri tabanları ve hizalamalar hakkında bilgi sahibi olmak
4	Yapı ve domain veri tabanları hakkında bilgi sahibi olmak
5	Yolak ve süreç veri tabanları hakkında bilgi sahibi olmak

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Biyoinformatik nedir Kanser araştırmalarında kullanım alanları
2	Biyolojik diziler; nükleotid sıralama yöntemleri (Sanger dideoxy yöntemi, kromozom yürüme, otomatik dizge), sekans tipleri (örneğin, gen, transkript, EST), protein sıralama yöntemleri (Edman bozulması, kütle spektrometre)
3	Seri veritabanları: Veritabanı türleri (nükleotid vs amino asit,) GenBank, NCBI Entrez, Refseq, SwissProt
4	Seri arama ve hizalama: hizalama modelleri ve maliyet fonksiyonları, küresel / yarı-küresel / yerel uyum, protein benzerlik matrisleri (PAM ve BLOSUM), tam hizalama algoritmaları, BLAST algoritması, genom ölçekli uyum, uyum istatistikleri, çoklu diziler + Filogenetik
5	NCBI BLAST Araçları: nükleotid-nükleotid, protein-protein ve nükleotid-protein BLAST çeşitleri, PSI-BLAST ve CLUSTALW ile çoklu uyum.
6	Protein yapısı ve etki alanları: yapısal hiyerarşi,yapı tayini (X-ray, NMR) yöntemleri, protein etki,uyum ve yapı arama
7	Yapı ve Domain Veritabanları: Protein Data Bank (PDB) Proteinler (SCOP), yapısal ve etki alanı veritabanları (Pfam, Interpro, ProDom)
8	Genom Dizileme ve yapı analizleri:
9	Genom Tarayıcılar ve Veritabanları
10	Genetik değişim ve hastalıkları: yaygın genetik varyasyonlar (RFLPs, SNP, kopya sayısı değişimleri, yapısal varyasyonlar),
11	Varyasyon veritabanları, fenotip bağlantıları dbSNP, PopSet, HapMap, (OMIM, OMIA, phenotypes in model organism databases)
12	expression clustering (hierarchical, k-means), expression statistics (t-test, PAM, SAM)
13	Gen ve protein ekspresyonu (microarrays, rtPCR, 2D-PAGE, mass spectrometry),Ekspresyon veritabanları Entrez GEO, GENSAT, Swiss 2D-PAGE
14	Ağ ve yolak analizleri
15	Yolak ve Süreç Veritabanları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Stephen A. Krawetz, David D. Womble. Introduction to Bioinformatics.Humana Press, New Jersey 2003.
Barnes, M.R. and Gray, I.C., eds., Bioinformatics for Geneticists, first edition. Wiley, 2003.
Baxevanis, A.D. and Ouellette, B.F.F., eds., Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, third edition. Wiley, 2005.
Baxevanis, A.D., Petsko, G.A., Stein, L.D., and Stormo, G.D., eds., Current Protocols in Bioinformatics. Wiley, 2007.
Kohane, et al. Microarrays for an Integrative Genomics. The MIT Press, 2002.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Teorik derslerin yapılması, Test sınava hazırlanma, ödev hazırlama,

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	PO	Performans/Ödev
2	FN	Final
3	BNS	Başarı	PO * 0.40 +FN*0.60
4	BUT	Bütünleme Notu
5	BBN	Bütünleme Sonu Başarı Notu	PO * 0.40 + BUT*0.60

*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Öğrenme çıktıları ara ve final sınavında klasik yazılı uzun cevaplı sorular ile değerlendirilecektir. Ödev ile pekiştirilecektir

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

yasemin.baskin@deu.edu.tr 0 232 4125890/5801

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Pazartesi 12.30-13.30

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	15	1	15
Vize Sınavına Hazırlık	1	21	21
Vize Sınavına Hazırlık	1	30	30
Ödev Hazırlama	1	12	12
Final Sınavı	1	1	1
Vize Sınavı	1	1	1
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			80

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.4	PK.7	PK.9	PK.10	PK.11
ÖK.1		5	5
ÖK.2	5	5	5	5		5
ÖK.3		5	5
ÖK.4		5	5		5
ÖK.5		5	5			5

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI