Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
MOT 6035	PROTEOMİKS:GENEL BAKIŞ	SEÇMELİ	1	0	0	3

Dersi Veren Birim

Moleküler Tıp Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

PROFESÖR GÜL HÜRAY İŞLEKEL

Dersi Alan Birimler

Moleküler Tıp Doktora

Dersin Amacı

Bu dersin amacı öğrencilerin proteom ve proteinleri toplu olarak inceme bilimi olarak tanımlanan proteomiks konusunda bilgilenmeleri ve hastalıklarla ilişkisi, kullanılan yöntemler ve laboratuar teknikleri ile ilgili uygulamaya yönelik bilgi edinmeleridir.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Proteinlerin Genel Özellikleri: Proteinlerin yapısı ve işlevlerini anlamak
2	Proteom analizlerinde kullanılan ayırım tekniklerini kavramak
3	Proteom analizlerinde kullanılan teknikleri kavramak
4	Kütle spektrometresinin proteomikte kullanımını öğrenmek
5	Klinik proteomiksi anlamak
6	Biyoinformatik kavramını anlamak

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Genomikten Proteomiğe Geçiş: DNA ve RNA seviyesinde işlevsel genomik
2	Proteinlerin Genel Özellikleri: Proteinlerin yapısı ve işlevi
3	Proteom analizlerinde kullanılan ayırım teknikleri İki boyutlu jel elektroforezinin prensipleri Sıvı kromatografisinin proteomikteki prensipleri
4	Proteinlerin tanımlanmasında kullanılan teknikler Antikorlarla protein tanımlanması Kimyasal degradasyon ile protein sekansının belirlenmesi
5	Kütle spektrometresinin proteomikte kullanımı
6	Proteomikte kantitasyon teknikleri Standart iki boyutlu jel elektroforezi ile kantitatif proteomik analizleri
7	Kütle spektrometresi ile kantitatif proteomik analizler: stabil izotop dilüsyon yöntemi ile sıvı kromatografi-tandem kütle spektrometresi (LC-MS/MS) multiple reaction monitoring (MRM) modunda kantitatif analizlerin gerçekleştirilmesi
8	Kütle spektrometresi ile kantitatif proteomik analizler: stabil izotop dilüsyon yöntemi ile sıvı kromatografi-tandem kütle spektrometresi (LC-MS/MS) multiple reaction monitoring (MRM) modunda kantitatif analizlerin gerçekleştirilmesi
9	Klinik proteomiks
10	Klinik proteomiks
11	Yapısal proteomik: Protein yapılarının proteomikteki önemi, protein yapılarının anlaşılmasını sağlayan teknikler
12	Protein-protein etkileşimleri ve proteomik: Protein etkileşim analizlerinin prensipleri, protein etkileşim haritaları
13	Biyoinformatik
14	Genel değerlendirme
15	FİNAL

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynaklar:
1. Principles of Proteomics R.M. Twyman, Taylor & Francis 2004
2. Clinical Proteomics; From Diagnosis to Therapy , Jennifer E. Van Eyk, Michael J. Dunn, Wiley 2008
3. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Michael Kinter and Nicholas E. Sherman, John Wiley, New York,2000
4. Proteomics: A Cold Spring Harbor Laboratory Course Manual Andrew J. Link, CSH Press,2009
5. Dergilerde yayımlanmış ilişkili makaleler

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Ders, interaktif sunumlar, makale tartışmaları şeklinde gerçekleştirilecektir.

Değerlendirme Yöntemleri

Başarılı / Başarısız

*** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

Kavrama, öğrenme, analiz etme, karşılaştırma, uygulama, interaktif katılım

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

e-posta: huray.islekel@deu.edu.tr
Telefon: 412 44 08

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Salı 12.30-13:30

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	5	3	15
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	5	5	25
Final Sınavına Hazırlık	1	15	15
Ödev Hazırlama	1	5	5
Vize Sınavına Hazırlık	1	10	10
Final Sınavı	1	3	3
Vize Sınavı	1	2	2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			75

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.2	PK.3	PK.4	PK.5	PK.6	PK.7	PK.13	PK.14
ÖK.1	3	4	5	5
ÖK.2	4	5	5	4
ÖK.3	5	5	4	4
ÖK.4					3	3	5
ÖK.5					4	4	5
ÖK.6								4	5

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI