DERS ADI

: BİYOİNFORMATİK

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS
KIM 5104 BİYOİNFORMATİK SEÇMELİ 3 0 0 8

Dersi Veren Birim

Fen Bilimleri Enstitüsü

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

PROFESÖR LEMAN TARHAN

Dersi Alan Birimler

Biyokimya Yüksek Lisans
Kimya Doktora
Biyokimya Doktora

Dersin Amacı

Biyoinformatik biyolojik veri tabanlı problemleri çözmeye yönelik uygulamalı matematik, istatistik, bilgisayar bilimleri ve yapay zeka alanlarındaki yöntemlerin kullanıldığı çok disiplinli bir alandır. Bu dersin temel amacı gen bulma, motif ekstraksiyonu, protein yapı analizi, ilaç dizaynı ve protein-protein etkileşimler üzerine geliştirilen bazı algoritmaları öğrencilere öğretmektir.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Genom projesi sonrasında yeni ortaya çıkan biyoinformatik alanını tanımlayabilmeli,
2   Biyoinformatik alanında kullanılan veri bankalarını bilmeli ve veri elde edebilmeli,
3   Biyoinformatik alanında geliştirilen yazılımları kullanabilmeli,
4   Biyoinformatik alanındaki yayınları takip edebilmeli ve karşılaştırabilmeli,
5   Biyoinformatik alanında multidisipliner olarak oluşturulmuş ekiplerde çalışabilmeli.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama
1 Biyoinformatik'e Giriş
2 Biyoinformatik'te incelenen protein ve DNA dizinimi
3 DNA mikroarrayler ve kütle spektroskopisi verileri
4 Genom Organizasyonu ve Evrim
5 İnsan Genomu
6 Biyoinformatikte Arşivleme ve Bilgi alınımı
7 Spesifik Dizinimler ve Filogenetik Ağaçlar
8 Protein yapısı ve İlaç tasarımı
9 Ara Sınav
10 Proteinlerde Katlanmamış bölge tayini-1
11 Proteinlerde Katlanmamış bölge tayini-2
12 Sistem Biyolojisi (E.coli lac operon modellenmesi)
13 Proteinlerden motif ekstraksiyonu
14 Proteomiks

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

1. Gibas C., ve Jambeck P., (2005). Developing Bioinformatics Computer Skills
2. Jones N.C. ve Pevzner P.A. (2005). An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular Biology)
3. Lesk A.M. (2005). Introduction to Bioinformatics. Second Edition. Oxford Press.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

1. Düz anlatım
2. Soru Cevap
3. Aktif Eğitim Yöntemleri
4. Sunumlar

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO KISA KOD UZUN ADI FORMUL
1 ARS ARASINAV
2 YSS YIL SONU SINAVI
3 YSBN YIL SONU BAŞARI NOTU ARS * 0.40 + YSS * 0.60
4 BUT BÜTÜNLEME
5 BUTBN BÜTÜNLEME SONU BAŞARI NOTU ARS * 0.40 + BUT * 0.60


Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Bu dersin değerlendirmesinde bir ara sınav (%40) ve bir final sinavı (%60) notu kullanılacaktır.

Değerlendirme Kriteri

Sınavlarda ve ödevlerde öğrencilere öğrenme hedeflerinin anlaşılmasına ve öğrenme hedefleri arasında ilişkileri ortaya koyacak şekilde sorular sorulacaktır.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

Öğrenciler toplam ders saatinin %70'ine katılmak zorundadırlar.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

DEÜ, Fen Fakültesi, Kimya Bölümü
Email: levent.cavas@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Çarşamba 17.00-17.30

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı 13 3 39
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar 13 3 39
Vize Sınavına Hazırlık 1 20 20
Final Sınavına Hazırlık 1 30 30
Biyoinformatik alanı ile ilgili güncel makalelerin okunması 2 20 40
Filogenetik Agaç oluşturulması 2 15 30
Final Sınavı 1 2 2
Vize Sınavı 1 2 2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 202

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖKPK.1PK.2PK.3PK.4PK.5PK.6PK.7PK.8PK.9PK.10PK.11
ÖK.153552552515
ÖK.254552552515
ÖK.353552552515
ÖK.453552552515
ÖK.553552552515