• ANASAYFA
• ÜNİVERSİTE HAKKINDA
  • İsim - Adres
  • Genel Bilgi
  • Üniversite Yönetimi
  • Akademik Takvim
  • Derece Programları
  • Yabancı Dilde Eğitim Veren Birimler
  • Genel Kabul ve Kayıt Koşulları
  • Kredi Hareketliliği ve Önceki Öğrenmenin Tanınması
  • AKTS Kredilerinin Belirlenmesi
  • Akademik Danışmanlık
  • İletişim
• DERECE PROGRAMLARI
  • Doktora Programları
  • Yüksek Lisans Programları
  • Lisans Programları
  • Önlisans Programları
• ÖĞRENCİ İÇİN GENEL BİLGİLER
  • Yaşam Standardı
  • Barınma
  • Beslenme
  • Sağlık
  • Engelli İçin Olanaklar
  • Sigorta
  • Finansal Destekler
  • Öğrenci İşleri Daire Başkanlığı
  • Uluslararası Öğrenciler için Pratik Bilgiler
  • Dil Kursları
  • Staj Olanakları
  • Sportif, Sosyal ve Kültürel Faaliyetler
  • Öğrenci Toplulukları ve Kulüpler
  • İzmir-Türkiye Hakkında
• ULUSLARARASI İLİŞKİLER
  • Dış İlişkiler Koordinatörlüğü
  • Kayıt İşlemleri
  • Anlaşmalar
  • Koordinatörler
  • Belgeler
  • Yabancı Dilde Eğitim Veren Birimler
  • AKTS/DE Etiketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Ders Türü D U L AKTS MBG 6110 BİYOİNFORMATİK YAZILIM VE PROGRAMLAMA SEÇMELİ 3 0 0 12

Dersi Veren Birim

Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora

Dersin Düzeyi

Doktora

Ders Koordinatörü

DR.ÖĞR.ÜYESİ GÖKHAN KARAKÜLAH

Dersi Alan Birimler

Moleküler Biyoloji ve Genetik Doktora İngilizce Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Doktora

Dersin Amacı

Bu ders öğrencilere biyolojik veri analizi için komut dosyası ve programlama becerileri kazandırmayı amaçlamaktadır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1   Linux komut satırı ile çalışabilmek 2   Bash komut dosyalarını geliştirebilmek 3   Biyolojik veri analizi için Python programlama dilini kullanabilme 4   Python programlama dili ile yararlı bilgileri elde etmek için programlı olarak kamuya açık veritabanlarına erişebilmek. 5   Bash veya Python ile biyolojik veri analizi için analiz hatları geliştirebilme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta Konular Açıklama 1 Linux'a giriş 2 Bash komut yazımı 3 Python dizeleri, metin, sayı, tarih ve saat 4 İteratörler ve jeneratörler 5 Dosyalar ve G / Ç 6 İşlevler 7 Modüller ve Paketler 8 Sıra nesneleri ve G / Ç 9 ARA SINAV 10 Çoklu dizi hizalaması ve BLAST 11 BioPython ile kamuya açık veritabanlarına erişme 12 Yolak analizi 13 Dizi motif analizi 14 Küme analizi 15 Denetlenen öğrenme yöntemleri 16 Ödev sunumları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

1. Biopython Tutorial and Cookbook, Jeff Chang, Brad Chapman, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Michiel de Hoon, Peter Cock, Tiago Antao, Eric Talevich, Bartek Wilczy ski 2. Beazley, David, and Brian K. Jones. Python cookbook. " O'Reilly Media, Inc.", 2013.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Değerlendirme Yöntemleri

Başarılı / Başarısız *** Bütünleme Sınavı Yapılmayan Birimlerde Bütünleme Kriteri Dikkate Alınmaz.

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

gokhan.karakulah@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

İlan Edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat) Lectures 14 3 42 Preparation before/after weekly lectures 14 6 84 Preparation for Mid-term Exam 1 30 30 Preparation for Final Exam 1 37 37 Preparing Individual Assignments 12 5 60 Preparing Presentations 2 20 40 Final 1 3 3 Mid-term 1 4 4 TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat) 300

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK PK.1 PK.2 PK.3 PK.4 PK.5 PK.6 PK.7 PK.8 ÖK.1 3 ÖK.2 3 ÖK.3 3 ÖK.4 3 ÖK.5 3