Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
CME 4425	BİYOİNFORMATİK ALGORİTMALARINA GİRİŞ	SEÇMELİ	2	2	0	6

Dersi Veren Birim

Bilgisayar Mühendisliği

Dersin Düzeyi

Lisans

Ders Koordinatörü

YRD.DOÇENT ZERRİN IŞIK

Dersi Alan Birimler

Bilgisayar Mühendisliği

Dersin Amacı

Kursun amacı Biyo-enformatik alanındaki hesaplama ve modelleme problemlerinin çözümünde öğrenciye yetkinlik kazandırmaktır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	DNA, RNA, Protein, Transcription ve diğer temel biyo-enformatikle ilgili biyolojik kavramların tanımlanabilmesi
2	Pairwise and multiple sequence alignment algorit malarının kullanılabilmesi,
3	PAM and BLOSUM Matrislerinin tanımlanabilmesi, Dynamic Programming yapılabilmesi,
4	Graf algoritmalarının tanımlanabilmesi,
5	Biyo-enformatikte kullanılan öğrenme algoritmalarının tanımlanabilmesi.

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Evrim, DNA, RNA, Biyoloji ve Hesaplama
2	Biyolojik İlişkiler, PAM ve BLOSUM Matrisleri
3	BLOSUM Matrisleri
4	Sekans Analizi
5	Dinamik programlama
6	BLAST
7	Çoklu dizin sekanslama
8	Vize 1
9	Öğrenebilen Algoritmalar
10	Olasılık Modelleri
11	Denetimli öğrenme
12	Denetlemesiz öğrenme
13	Markov Modelleri
14	Viterbi - Baum-Welch Algoritmaları

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynak: Ders Kitabı: Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004 (ISBN-13: 978-0262101066)

Yardımcı kaynaklar:

Introduction To Algorithms Third Edition, THOMAS H. CORMEN CHARLES E. LEISERSON RONALD L. RIVEST CLIFFORD STEIN, The MIT Press Massachusetts Institute of Technology Cambridge, 2001

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

1. Dersler
2. Kişisel ve grup çalışmaları
3. Ödevler

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	VZ	Vize
2	OD	Ödev
3	FN	Final
4	BNS	BNS	VZ * 0.25 + OD * 0.25 + FN * 0.50
5	BUT	Bütünleme Notu
6	BBN	Bütünleme Sonu Başarı Notu	VZ * 0.25 + OD * 0.25 + BUT * 0.50

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar