Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
İST 4134	BİYOİNFORMATİKTE İSTATİSTİKSEL YÖNTEMLER	SEÇMELİ	3	0	0	5

Dersi Veren Birim

İstatistik

Dersin Düzeyi

Lisans

Ders Koordinatörü

PROFESÖR CAN CENGİZ ÇELİKOĞLU

Dersi Alan Birimler

İstatistik
İstatistik (İkinci Öğretim)

Dersin Amacı

Bu dersin amacı biyoinformatik uygulamalarında (DNA ve protein analizi, microarray veri analizi, filogenetez vb.) kullanılan, olasılık, istatistik ve stokastik süreçler teorisini öğrencilere tanıtmaktır.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Biyoinformatiğin temel kavramlarını anlayabilme
2	DNA analizinde istatistiksel teknikleri uygulayabilme
3	Biyoloji biliminde entropi kavramını uygulayabilme
4	Biyoinformatikte yaygın olarak yer alan istatistiksel testleri kullanabilme
5	Biyoinformatikteki karmaşık problemlerin çözümü için istatistiksel metotları ve yazılımları tanımlayabilme

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Biyoinformatiğin kısa tarihçesi
2	Moleküler Biyolojinin temel kavramları
3	Markov Zincirleri
4	Tek DNA dizisinin analizi
5	DNA nın ve DNA daki sinyalin modellenmesi
6	DNA dizilerini hizalama, dizi benzerliklerini ortaya çıkaran basit testler(BLAST tekniği),
7	İkişerli dizi hizalaması ve dinamik programlama
8	Ara sınav
9	Entropi ve Entropi ile ilgili kavramlar
10	Göreli entropi ve bağlanma(binding) enerjisi
11	Bilinen ve bilinmeyen konumların durumlarını bulma
12	Dizilerdeki konumun korelasyonu
13	Gen ifadesi, microarray ve çoklu test
14	Evrimsel Modeller/ Filogenetik ağaç tahmini.

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynak:
Warren J. Ewens and Gregory R. Grant, Statistical Methods in Bioinformatics: An Introduction, Second Edition, (c) 2005.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

İST4134, dersleri, sınıf içi tartışmaları ve ödevleri içerecektir.

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	VZ	Vize
2	OD	Ödev
3	FN	Final
4	BNS	BNS	VZ * 0.40 + OD * 0.10 + FN * 0.50
5	BUT	Bütünleme Notu
6	BBN	Bütünleme Sonu Başarı Notu	VZ * 0.40 + OD * 0.10 + BUT * 0.50

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

%40(Ara Sınav)+%10(Ödev)+%50(Final Sınavı)

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

Her hafta işlenecek konularla ilgili bölümleri okuyarak, derse gelmeniz ve sınıftaki tartışmalara katılmanız, başarılı olmanız için gereklidir. Derslerde, ve sınavlarda meydana gelebilecek etik-dışı davranışlar konusunda ilgili yönetmelik çerçevesinde hareket edilecektir. D.E.Ü. Fen Fakültesi öğretim ve sınav uygulama esasları yönetmeliğini www.fef.deu.edu.tr adresinden temin edebilirsiniz.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

DEU Fen Fakültesi İstatistik Bölümü
e-posta: cengiz.celikoglu@deu.edu.tr
Tel: 0232 301 85 20

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

İlan Edilecektir.

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	13	3	39
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	12	2	24
Final Sınavına Hazırlık	1	20	20
Ödev Hazırlama	2	2	4
Sunum Hazırlama	1	12	12
Vize Sınavına Hazırlık	1	10	10
Final Sınavı	1	2	2
Vize Sınavı	1	2	2
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			113

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.10	PK.12
ÖK.1	5	4	5
ÖK.2	5	4	5
ÖK.3	5	4	5
ÖK.4	5	4	5
ÖK.5	5	4	5

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI