Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
TBG 5039	TEMEL MOLEKÜLER BİYOLOJİK YÖNTEMLER I	SEÇMELİ	3	2	0	8

Dersi Veren Birim

Tibbi Biy.Ve Gen. Yüksek Lisans

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

PROFESÖR ŞERİFE ESRA ERDAL

Dersi Alan Birimler

Biyokimya Yüksek Lisans
Tibbi Biy.Ve Gen. Yüksek Lisans
Moleküler Tıp Yüksek Lisans
Klinik İlaç Araştırmaları Yüksek Lisans
Tıbbi Parazitoloji Yüksek Lisans

Dersin Amacı

Bu dersin amacı, öğrencilerin biyoinformatik ve rekombinant DNA teknolojileri hakkında temel bilgiye sahip olabilmelerini, in silico DNA , RNA ve protein bilgilerine ulaşabilme ve analiz becerisi kazanmalarını, temel DNA, RNA ve protein analiz yöntemlerini anlayabilme ve uygulayabilme yetisi kazanmalarını hedeflemektedir.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	İnsan Genom Projesinin tarihini ve çıktılarını tartışabilir (B2), HapMap ve 1000Genomes projelerinin içeriklerini ve moleküler tıbba katkılarını açıklayabilir (B2)
2	Pubmed ve OMIM gibi bilimsel literatür veritabanlarını kullanabilir (B3), Entrez ve Ensemble Genome Browser larından bir gene ait gDNA, cDNA, ekzon-intron dizileri, genin kodladığı protein dizi ve yapısal özelliklerine ulaşabilir (B4).
3	CLUSTAL W programını kullanarak nükleaik asit ve protein dizilerini align edebilir (B4), GEO, UniProt ve KEGG veritabanlarını tanır (B3)
4	Gen klonlamanın ve rekombinant DNA teknolojilerinin temelini kavrar (B2)
5	Hücreden gDNA, total RNA ve total protein izolasyonu ve izolasyon sonrası miktar tayinlerini yapabilir (B3)
6	Plazmid vektörlerinin temel özelliklerini ve klonlama stratejilerine göre çeşitlerini, tartışabilir (B2), Bakteriden plazmid izolasyonu yapabilir (B3), restriksiyon enzim(leri)ni kullanarak plazmidin farklı formlarını anlayabilir (B3)
7	Gen ekspresyonunun, transkript düzeyinde semi-kantitatif RT-PCR ile ve protein düzeyinde western blotlama ve immunoboyama yöntemleri ile belirleyebilir ve veriyi analiz edebilir (B4)
8	Konvensiyonel Polimeraz zincir reaksiyonunu uygulayabilir (B4), uygun primer design edebilme ve optimizasyon yapabilir (B4)
9	Verileri analiz edebilme ve görsel halde sunabilme yeteneği kazanır (B3)

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Genom Projeleri ve Moleküler Tıbba Katkıları
2	Bilimsel literatür databazları kullanımı (Pubmed ve OMIM), Genome browser tanıtımı ve kullanımı (EntrezGene, Ensemble), nukleik asit (mRNA, cDNA, gDNA) ve protein dizilerine ulaşım
3	Sekans alignment (CLUSTALW algoritması ve örnek dizilerde kullanımı), GEO,ExPASY, UniProt ve KEGG veritabanları
4	Solusyon hazırlama (Mol, molarite, yüzde, stok solusyon, pH,)
5	DNA (Yapısı, tipleri, izolasyon prensipleri) saflığının ölçümü, kandan gDNA izolasyonu, miktar tayini, saflığın önemi, Agaroz jel elektroforezi ile görüntülenmesi
6	Gen klonlama prensipleri, Plazmid vektör (nedir, bir geni overeksprese etmek yada susturmak için kullanılan plazmid vektörlerinin temel özellikleri,..), bakteriden plazmid izolasyonu, restriksiyon enzimi kullanımı
7	RNA (yapısı, tipleri, total RNA izolasyonu, miktar tayini, formamitli agaroz jeli ile görüntülenmesi)
8	cDNA (nedir, çeşitleri, nerelerde kullanılır, in vitro nasıl sentezlenir), cDNA sentezi, internal kontrol primeri ile PCR
9	Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) (temel prensip, optimizayon nasıl yapılır, ..)
10	PCR kullanım alanları ve amaca göre nasıl primer design edilir (Primer 3 programı kullanımı)
11	Moleküler biyolojide kullanılan bazı enzimler (restriksiyon enzimleri, polimerazlar, ligaz, alkaline fosfataz, .)
12	Protein (yapı ve lokasyon farklılıklarının izolasyon yöntemine etkileri, SDS-PAGE prensibi, Commasive blue boyaması temeli), hücre kültürü hücrelerinden total protein izolasyonu, miktar tayini (Bradford yöntemi ile standart eğri çizilerek), SDS-PAGE elektroforezinde yürütülmesi ve CB ile boyanması)
13	Western Blotlama (nedir, hangi amaçla kullanılır, optimizasyonu nasıl olur, antikor seçimi, ..)
14	Western Blotlama
15	Gen ve gen ürünlerinin görüntülenmesi (kemoilluminasans uygulama temeli)
16	Immuno boyama yöntemleri, floresan ve biotin konjuge antikorlar, kullanım şekilleri,..)

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

Ana kaynak: Current Protocols in Molecular Biology, Wiley, Online ISBN: 9780471142720 , Bioinformatics for Dummies, second ed., Claveria Notredame.
Yardımcı kaynaklar: Molecular Cloning : A laboratory Manual, Fourth ed., CSH press , At the Bench, K. Barker, CSH press , Lab Math, DS Adams, CSHL press , Lab Ref, J.Roskams ve L.Rodgers, CSHL press. , Recombinant DNA, Watson etal., third ed., CSHL press ,
Referanslar: http://www.protocol-online.org/, http://www.cellbio.com/protocols.html
Diğer ders materyalleri: Serbest İnternet erişimi olan Entrez ve Ensemble genom browser lar ve bazı diğer Biyoinformatik veritabanları

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Sunum: Teorik bilgiler sunum olarak öğretim üyesi tarafından verilecektir
Ödev/Sunum: Öğretim üyesinin teorik ders anlatımı sırasında, yöntemlerin temelini oluşturan konular ile ilgili olarak sorduğu, kısa cevaplı sorular için, öğrencinin protokol kitapları, internet, literatür gibi farklı kaynaklara ulaşarak yapacağı araştırmalardır.
Laboratuvar Uygulaması: Her yöntem ile ilgili yapılacak ıslak laboratuvar uygulamasına aktif katılmak ve deney içerik ve sonuçlarının düzenli olarak veri defterinde sunulmasıdır.

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	VZ	Ara Sınav
2	PO	Performans/Ödev
3	FN	Final
4	BNS	Başarı	VZ * 0.30 + PO * 0.30 +FN* 0.40
5	BUT	Bütünleme Notu
6	BBN	Bütünleme Sonu Başarı Notu	VZ* 0.30 + PO * 0.30 + BUT* 0.40

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

* Burada öğrencinin sınıf içi derse katılımı, ders sırasında belirlenen küçük çalışma sorularına hazırlanması, tartışılmış konular hakkında örnekleme yapabilmesi değerlendirilecektir. Yazılı bir ödev hazırlaması beklenmemektedir.
** Burada hem bilgisayar lab. hemde ıslak lab uygulamaları yapılacaktır.

Değerlendirme Kriteri

ÖÇ 1-3: Öğrencinin kendi başına, temel biyoinformatik veritabanlarını kullanarak genetik bilgiye ulaşabilme yeteneği, kendisine uygulanacak quiz ve bilgisayar başı uygulama sınavları ile değerlendirilecektir.
ÖÇ 5-9: Quizler, final sınavı gibi yazılı sınavların yanısıra, laboratuvar uygulamalarındaki becerisi, laboratuvarda elde edilen veriyi uygun şekilde bir defterde sunma kapasitesi, kısa cevaplı soruları yanıtlamak üzere ulaşabildiği kaynak çeşitliliği ve sınıf içi katılımı, öğretim üyesi tarafından doğrudan izlem yoluyla değerlendirilecektir.

Dersin Öğretim Dili

Türkçe

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

+232 4124609 E-posta: esra.erdal@deu.edu.tr

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri