Dokuz Eylül Üniversitesi Ders Katoloğu / Bilgi Paketi

Ders Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Ders Türü	D	U	L	AKTS
BİO 5030	HÜCRESEL MOLEKÜLER MEKANİZMALAR ARAŞTIRMA YÖNTEMLERİ	SEÇMELİ	2	4	0	10

Dersi Veren Birim

Biyokimya Yüksek Lisans

Dersin Düzeyi

Yüksek Lisans

Ders Koordinatörü

PROFESÖR AYŞE SEMRA KOÇTÜRK

Dersi Alan Birimler

Biyokimya Yüksek Lisans
Moleküler Tıp Yüksek Lisans
Tıbbi Parazitoloji Yüksek Lisans

Dersin Amacı

Biyokimya bilim dalında lisansüstü eğitim yapan öğrencilerin hücre içi moleküler mekanizmalar ile ilgili araştırmalarda kullanacakları yöntemler hakkında bilgi ve deneyim kazanmalarını sağlamaktır. Bu amaçla dersin içeriği; dokudan ve hücreden organel izolasyonunu, hücre kültürü ile yapılan çalışmalarının temel prensiplerini ve uygulama tekniklerini, protein ve gen ekspresyon analizi ile hücresel mekanizmaların izlenmesinde kullanılan moleküler yöntemlerin temel prensiplerini kapsamaktadır. Dersin programı doku, hücre hattı ve primer hücre kültürü kullanılarak elde edilen materyaller ile hücre içi protein ve gen ekspresyonlarının izlenmesini sağlayan tüm yöntemlerin teorik bilgilerini ve uygulamalarını kapsayan bir akış içinde düzenlenmiştir.

Dersin Öğrenme Kazanımları

1	Hücre içi mekanizmaları anlayabilecek temel hücre biyolojisi bilgisine sahiptir
2	Hücre içi moleküler mekanizmalar ile ilgili araştırmalarda kullanacakları temel laboratuvar bilgisine sahiptir.
3	Uygulama alanı ile ilgili bilgi ve veri tabanlarına ulaşabilir ve kullanabilir
4	Uygulama alanında edindiği bilgiler ile deney planlayabilir
5	Hücresel moleküler mekanizmaları araştırmak üzere temel laboratuvar teknikleri bilgisine sahiptir

Dersin Öğretim Türü

Örgün Öğretim

Dersin Önkoşulu/Önkoşulları

Yok

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yok

Ders İçeriği

Hafta	Konular	Açıklama
1	Ders Tanıtımı: Uygulama: Deney hayvanından KC ve Aort doku eldesi
2	Hücrenin yapı ve organizasyonu, hücre organelleri ve ayrımlanması) Uygulama: KC dokusundan mitokondri izolasyonu
3	Hücre kültürü çalışmalarında temel bilgiler Uygulama: Temel ekipmanlar, lab. tasarımı.
4	Sterilizasyon ve temel prensipler Uygulama: Sterilizasyon tekniklerinin incelenmesi Kandan trombosit izolasyonu
5	Hücre canlılık ve dondurma teknikleri Uygulama: Fibroblast hücre hattında trombosit süspansiyon uygulamasının canlılık üzerine etkisine incelenmesi. MTT, Tripan Blue Hücre canlılık testleri
6	Primer Hücre Kültürü Uygulama: Rat Aort dokusundan eksplant ve mekanik yöntemle primer kültür eldesi
7	Protein Ekspresyon Analizi-I Uygulama IHK, Immunfluoresan
8	Protein Ekspresyon Analizi-II Uygulama: Western Blot Elektroforez
9	Protein Ekspresyon Analizi-III Uygulama: IEF ve ELISA
10	Gen Ekspresyon Analizi-I Uygulama: Hücreden RNA izolasyonu ve kalite kontrolü (Nanodrop-Bioanalyzer)
11	Gen Ekspresyon Analizi-II (3 saat uygulama) Uygulama: cDNA sentezi ve RT-PCR
12	Hücre Kültüründe Metabolik Araştırmalar: Kolesterol Metabolizma Analizi Uygulama: HPLC ile metabolit analizi
13	Hücre Ölüm Mekanizmaları Uygulama: Kaspaz enzim aktivite analizi
14	YARIYIL SONU SINAVI
15	BÜTÜNLEME SINAVI

Ders İçin Önerilen Kaynaklar

1. Current Protocols in Protein Science. Coligen JE, Dunn BM, Speicher W, Wingfield PT (eds). 2007, John Wiley &Sons Inc.
2. Mitochondria: A Practical Approach. Darley-Usmar UM, Rickwood D&Wilson MT (eds). 1987, IRL Pres.
3. Protein Purification Protocols. 2nd Ed. Cutler P. 2007, Humana Pres.
4. Apoptosis methods and Protocols. Brady HJM (ed) 2005, Humana Pres.
5. Apoptosis, Senescence and Cancer. Gewirtz DA, Halt SE, Grant S. (eds) 2nd ed. 2007, Humana Press.
6. Cell and Tıssue Culture. Doyle A and Griffiths JB (eds). John Wiley&Sons.
7. Basic Cell Culture Protocols. 3rd Ed. Helgason CH, Miller CL (eds). 2004, Humana Press.
8. Real-Time PCR. Dorak TM (ed), 2007, Taylor&Francis.
9. Basic Methods fort he Biochemical Laboratory. Holtzhouer M. (ed). 2006, Springer.

Öğrenme ve Öğretme Yöntemleri

Teorik ders ve uygulamalar ile tekniklerin öğretilmesi. Uygulamalı ödev ile edindiği bilgiler doğrultusunda deney planlama ve uygulama yetilerinin geliştirilmesi.

Değerlendirme Yöntemleri

SIRA NO	KISA KOD	UZUN ADI	FORMUL
1	VZ	Ara Sınav
2	OD	Ödev
3	FN	Final
4	BNS	Başarı	VZ * 0.40 + OD * 0.20 + FN* 0.40
5	BUT	Bütünleme Notu
6	BBN	Bütünleme Sonu Başarı Notu	VZ * 0.40 + OD * 0.20+ BUT* 0.40

Değerlendirme Yöntemlerine İliskin Aciklamalar

Yok

Değerlendirme Kriteri

1. Moleküler mekanizmaları araştırma yöntemleri ile ilgili teorik bilgisi ara sınav ve yarı yıl sonu sınavı ile değerlendirilecektir (PÇ1, PÇ2).
2. Öğrendiği yöntemleri uygulama becerisi, gerekli veri tabanlarına ulaşabilme ve deney planlama becerisi verilen uygulamalı ödev ile değerlendirilecektir (PÇ6,PÇ7)
3. Hücresel moleküler mekanizmaları araştırmak üzere sahip olduğu temel laboratuvar teknikleri bilgisi uygulamalar sırasında ve verilen ödevler ile değerlendirilecektir.(PÇ10)

Dersin Öğretim Dili

İngilizce

Derse İlişkin Politika ve Kurallar

İlan Edilecektir.

Dersin Öğretim Üyesi İletişim Bilgileri

semra.kocturk@deu.edu.tr, 4124407

Ders Öğretim Üyesi Görüşme Gün ve Saatleri

Salı günleri 13.30-16.30

Staj Durumu

YOK

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler	Sayısı	Süresi (saat)	Toplam İş Yükü (saat)
Ders Anlatımı	15	3	45
Uygulama	15	4	60
Haftalık Ders öncesi/sonrası hazırlıklar	5	4	20
Vize Sınavına Hazırlık	1	45	45
Final Sınavına Hazırlık	1	45	45
Ödev Hazırlama	1	30	30
Final Sınavı	1	3	3
Vize Sınavı	1	3	3
TOPLAM İŞ YÜKÜ (saat)			251

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

PK/ÖK	PK.1	PK.2	PK.6	PK.7	PK.10
ÖK.1	4	4
ÖK.2	4	4
ÖK.3			5
ÖK.4				4
ÖK.5					5

DERS ADI

DERECE PROGRAMLARI